Ministerstvo vnitra podle Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) selhalo v vytvoření efektivního systému ochrany měkkých cílů, jako jsou školy, kulturní centra a nemocnice, a to i přesto, že koncepce ochrany byla nastavena pro období 2017 až 2020. Kontrolní úřad upozorňuje, že ministerstvo zanedbávalo svou koordinační roli, přičemž splnilo pouze dva ze čtyř základních pilířů, na nichž měl systém stát.
Ministr vnitra Lubomír Metnar (ANO) oznámil, že zřídí pracovní skupinu, jejímž úkolem bude implementace přijatých opatření. Ministr kultury Oto Klempíř (za Motoristy) se zavázal přepracovat rozpočet svého ministerstva, aby bylo možné co nejdříve investovat do bezpečnosti. Kontrolní úřad také konstatoval, že ministerstvo vnitra nevypracovalo navazující koncepci a v roce 2021 podpora ochrany měkkých cílů byla snížena.
Zvýšená pozornost na ochranu měkkých cílů se objevila až po tragickém útoku na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy v prosinci 2023, kdy bylo zastřeleno 14 lidí a dalších 25 bylo zraněno. Podle ministra Metnara závěry NKÚ naznačují, že předchozí vláda a vedení ministerstva nedokázaly systém ochrany dostatečně nastavit.
NKÚ kritizovalo ministerstvo také za nedostatečné financování ochrany měkkých cílů, i když provozovatelé institucí opakovaně žádali o programy na nákup a modernizaci bezpečnostních prvků. Dále chybí aktuální přehled nejohroženějších cílů. Vzdělávací aktivity ministerstva pro pracovníky bezpečnostních institucí byly v letech 2022 a 2023 pozastaveny a obnovily se až v roce 2024.
Kontrolní úřad prověřoval také ministerstva kultury, školství a zdravotnictví. Po útoku na filozofické fakultě došlo k některým změnám, například Ministerstvo školství zvýšilo dotační program pro bezpečnost škol o 200 milionů korun a Ministerstvo zdravotnictví aktualizovalo krizové plány nemocnic. Přesto NKÚ upozorňuje, že mnohá opatření jsou stále v přípravě a jejich realizace se uskuteční až v následujících letech.
Nynější kontrola se zaměřila na léta 2021 až 2025 a byla vyvolána poslanci kontrolního výboru v prosinci 2023, tedy krátce před střelbou na filozofické fakultě. NKÚ již dříve konstatovalo, že v Česku chybí komplexní systém ochrany měkkých cílů před teroristickými útoky. V reakci na prověrku ministerstvo vnitra uvedlo, že cílem bylo podpořit odolnost měkkých cílů, nikoliv budovat celý systém.
