Ústavní soud České republiky potvrdil, že Eugen Czernin po druhé světové válce nezískal československé občanství, což vyplývá z rozhodnutí, které se týkalo stížnosti jeho vnuka Karla-Eugena. Ten se snažil o opětovné posouzení dědečkova protinacistického působení, což by mohlo otevřít cestu k restituci majetku, včetně zámku v Jindřichově Hradci. Soud uznal, že Czernin v období okupace prokázal vysoké morální hodnoty a protinacistické smýšlení, avšak nedokázal prokázat aktivní účast v boji proti okupačním silám.
Podle usnesení soudkyně Lucie Dolanské Bányaiové ÚS shledal, že správní soudy správně dospěly k závěru, že stěžovatel nepředložil dostatečné důkazy o aktivním zapojení Eugena Czernina v odboji. Po válce Czerninové přišli o značný majetek na základě Benešových dekretů, což vyvolalo otázku, zda měl Eugen Czernin nárok na uchování československého občanství. V roce 2005 ministr vnitra zamítl jeho žádost o zachování občanství, a vnuk se neúspěšně soudil i později.
Nejvyšší správní soud uznal, že Czernin pomáhal mnoha lidem během okupace, ale opět chyběly důkazy o jeho aktivní účasti v odboji. V roce 2019 se Karel-Eugen Czernin pokusil o obnovu řízení, avšak soudy opětovně neshledaly důvody k pozitivnímu rozhodnutí. Městský soud v Praze konstatoval, že Czernin splnil první dvě podmínky pro uchování občanství, tedy věrnost Československu a neprovinění proti národu, ale třetí podmínka, aktivní účast v boji za osvobození země, nebyla splněna.
Dědicové rodu Czerninů již dříve získali části majetku, například lesy a nemovitosti, které patřily Josefíně Czerninové, manželce Eugena. O občanství této šlechtické linie, která pocházela z rodu Schwarzenbergů, rozhodly úřednice pražského magistrátu kladně, avšak později čelily trestnímu stíhání, ze kterého byly nakonec osvobozeny. Jiná větev Czerninů, vinořská linie, úspěšně získala zámek v Dymokurech a další majetky. Eugen Czernin si sice během války uchoval svůj majetek a formálně udržoval vztahy s okupanty, ale jeho snahy o uchování občanství a následnou restituci majetku se ukázaly jako neúspěšné.
